Allelspecifik PCR (AS-PCR)

Vid vanlig PCR kopieras ett område av DNA upp i miljontals exemplar med hjälp av korta startsekvenser som kallas primrar. I allelspecifik PCR utnyttjar man att primern måste passa exakt mot mallen för att kopieringen ska komma igång. Genom att designa primern så att dess sista bas matchar just den allel man letar efter, kan reaktionen bara starta om den specifika varianten finns. Om personen bär en annan allel passar inte primern, och ingen produkt bildas.

I praktiken kör man ofta två separata reaktioner för samma DNA-position: en med en primer som matchar den ena allelen och en med en primer som matchar den andra. Efteråt kontrollerar man i vilka rör det bildades en produkt. Får man produkt i båda rören är personen heterozygot, alltså bärare av båda varianterna. Får man produkt i bara ett av dem är personen homozygot för just den allelen.

Ett konkret exempel rör en så kallad SNP, en enbaspolymorfi där en enda DNA-bokstav skiljer två varianter åt. Säg att en position kan vara antingen A eller G. Man bygger då en primer som slutar på T (som paras med A) och en annan som slutar på C (som paras med G). Bara den primer vars sista bas verkligen stämmer med personens DNA kan förlängas effektivt av enzymet. Resultatet visar tydligt vilken bas individen har.

Metoden är snabb, billig och kräver enkel utrustning, vilket gjort den populär inom både forskning och diagnostik. Inom hälsa används den till exempel för att hitta enskilda sjukdomsorsakande mutationer eller för att kartlägga genetiska riskvarianter. Inom släktforskning och genetik ligger samma grundprincip bakom flera metoder för att läsa av enskilda markörer, även om storskaliga DNA-test idag oftare bygger på mikromatriser eller sekvensering som avläser hundratusentals positioner samtidigt.

En begränsning är att tekniken behöver veta exakt vilken variant man söker. Den passar därför bäst när man vill bekräfta eller utesluta en redan känd genetisk variant, snarare än att leta efter helt okända förändringar i arvsmassan.