Scaffold (genomsekvensering)
En scaffold är en sammansatt sekvens i ett genomprojekt där flera DNA-fragment kopplats ihop i rätt ordning och riktning, ofta med kända luckor mellan delarna. Begreppet är centralt när forskare pusslar ihop ett helt genom från många korta läsningar.
När ett genom sekvenseras läses inte hela DNA-molekylen av i ett enda svep. Istället klipps DNA:t upp i mängder av små bitar som maskinerna läser var för sig. Dessa korta läsningar måste sedan sättas samman, lite som att lägga ett gigantiskt pussel utan färdig förlaga. Först bildas så kallade contiger, sammanhängande sträckor där läsningarna överlappar varandra utan luckor. Nästa steg är att ordna contigerna i förhållande till varandra, och resultatet kallas en scaffold.
En scaffold är alltså en längre struktur som binder ihop flera contiger i korrekt ordning och orientering. Mellan contigerna kan det finnas områden där forskarna vet ungefär hur långt avståndet är, men ännu inte den exakta DNA-sekvensen. Dessa luckor markeras ofta med en rad av bokstaven N, som betyder att basparet är okänt på just den positionen. Informationen om avstånd och riktning kommer typiskt från parvisa läsningar, där man känner till ungefär hur långt isär två lästa ändar ligger i originalmolekylen.
Ett enkelt sätt att förstå det: tänk dig att du river sönder en bok i hundratals pappersremsor. Remsor som tydligt fortsätter i varandra utgör dina contiger. När du sedan inser att ett visst stycke hör hemma tre sidor efter ett annat, även om sidorna däremellan saknas, har du byggt en scaffold. Du vet ordningen och ungefär hur mycket text som fattas, men inte exakt vad som stod där.
Ju mer sammanhängande scaffolderna är, desto bättre assemblering har man uppnått. Ett mål är ofta att till slut nå hela kromosomer, alltså att scaffolderna sträcker sig från ena änden till den andra med så få luckor som möjligt.
För släktforskare och DNA-testare är scaffolds sällan något man möter direkt, men de utgör grunden för de referensgenom som testföretag jämför ditt prov mot. Kvaliteten på referensgenomet påverkar hur tillförlitligt resultaten av exempelvis härkomstanalyser och hälsorapporter blir. Bättre och mer kompletta scaffolds ger en stabilare grund för all genetisk analys.