Amplikon-sekvensering
Amplikon-sekvensering är en metod där man först kopierar upp ett specifikt DNA-avsnitt med PCR och sedan läser av exakt den sekvensen. Tekniken används för att rikta in analysen på just de områden i arvsmassan som är intressanta.
Ett amplikon är den DNA-bit som bildas när ett bestämt område kopieras upp många gånger med hjälp av PCR (polymeraskedjereaktion). Istället för att läsa av hela arvsmassan väljer man ut ett eller flera målområden, mångfaldigar dem och skickar sedan kopiorna till en sekvenseringsmaskin. På så vis koncentreras hela analysen till just de delar av DNA:t som forskaren eller laboratoriet vill studera.
Metoden bygger på så kallade primrar, korta DNA-bitar som fungerar som startpunkter och som styr var kopieringen ska börja och sluta. Genom att utforma primrarna noggrant kan man fånga in precis det avsnitt man är ute efter. När miljontals kopior väl finns kan de läsas av med modern sekvenseringsteknik, ofta kallad NGS (next generation sequencing), som ger mycket hög täckning och därmed stor säkerhet i resultatet.
För DNA-test och släktforskning är amplikon-sekvensering särskilt användbar vid analys av mtDNA (mitokondrie-DNA) och Y-DNA. Ett konkret exempel: vid en avancerad Y-DNA-analys vill man kartlägga ett stort antal markörer på Y-kromosomen för att placera en man på rätt gren i det genealogiska släktträdet. Genom att rikta sekvenseringen mot just dessa avsnitt får man detaljerade resultat utan att behöva läsa av hela genomet, vilket sparar både tid och pengar.
Fördelarna är tydliga. Eftersom analysen fokuseras på ett begränsat område blir kostnaden lägre och känsligheten högre, vilket gör att även små mängder DNA kan undersökas. Det gör tekniken lämplig i situationer där provet är begränsat, exempelvis vid analys av äldre eller nedbrutet material.
Det finns också begränsningar att känna till. Man hittar bara variation inom de områden som primrarna täcker, så allt utanför målregionen förblir osynligt. Dessutom kan vissa avsnitt vara svåra att kopiera jämnt, vilket kräver omsorgsfullt utformade primrar. Trots detta är amplikon-sekvensering idag en av hörnstenarna både inom forskning och inom kommersiella DNA-tester, eftersom den kombinerar precision, hög detaljrikedom och rimlig kostnad.